惑星メデューサの地表で、囚人として強制労働をさせられているルーディ。どしゃ降りの雨の中、ルーディは雨が有毒物質に変化していることに気づく。囚人監視用の人工知能センサーに異常を知らせようとしたルーディの目の前で、センサーは雨の影響で壊れてしまった。センサーを破壊し脱走しようとしたと決めつけられ憤慨したルーディは、オクタヴィアに雨の異常を教えなかった。
地表に戻されたルーディだったが、もうその頃には雨のせいで地面が溶け出し、底なし沼のようになっていた。ようやく異常に気づいたオクタヴィアは、ルーディたち囚人を救助し、地下都市に避難させる。このままでは地下都市にも危険が及ぶに違いない。しかし、異常の原因はコンピュータにも分からなかった。
リズはルーディと共に異常を調べたいとクララ大統領を説得する。オクタヴィアは反対したが、クララは地球人の二人が原因を探り当てることに賭けるしかなかった。やがて、地下都市の生命維持システムの不良が、雨の異常変化を引き起こしたと気づいたリズとルーディは、システムをリセットし再起動しようとする。だが、ルーディを信じないオクタヴィアは、システムを破壊し、メデューサ人を皆殺しするつもりだと決めつけ、リセットを阻止しようとするのだった…。